三格化粪池由三个连通池组成，中间由过粪管连接。 它主要采用厌氧发酵，中层过粪和虫卵易于沉淀的原理，粪便在池中经过30多个天的发酵和分解，中层粪液依次由一池流至3池，以沉淀或杀死粪便中的寄生卵和肠道致病细菌，第三池粪液成为优良化肥。

一般来说，通常三格化粪池污水首先由进水口排到一格，新鲜粪便由进粪口进入一池，池内比重较大的固体物及虫卵等物沉淀下来，利用池水中的厌氧细菌开始初步的发酵分解，因比重不同粪液可自然分为三层，上层为糊状粪皮，下层为块状或颗状粪渣，中层为比较澄清的粪液。上部肥料和下部肥料包含最多的细菌和寄生卵，中间层包含的虫卵少。 来自初始发酵的中间发酵液通过肥料管溢流到第二个池中，并且大部分肥料没有被完全发酵，就会将残渣保持在该池中以继续发酵。

三格化粪池经过初步分解过程流入第二个隔间，而顶部漂浮的粪皮和沉积在底部的沉积物仅保留在一个隔间中以继续发酵。 在第二格栅中，粪液继续发酵和分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液进一步无害化，粪皮和残留物的厚度明显减少 。

流入三格化粪池第三格的粪液一般已经腐熟，其中病菌和虫卵已基本杀灭。第三格功能主要起暂时储存沉淀已基本无害的粪液作用，经过再次沉淀的粪液通过排水管流入市政管网。